在本模块中，我们将继续探索美国国家生物技术信息中心（NCBI）提供的令人难以置信的资源。我们将执行几种不同的 Blast 搜索：BlastP、PSI-Blast 和翻译 Blast。我们可以利用这些方法确定的相似序列来推断同源性，而同源性是预测基因或蛋白质功能的主要指标。我们还将比较几个不同物种的部分基因组，看看它们有多相似。

在本模块中，我们将使用 Clustal 和 MUSCLE（在 MEGA 中实现）以及 MAFFT 进行多序列比对。多序列比对可以告诉您序列中保守区和可变区的位置，这对于了解所研究序列的生物学特性非常重要。多序列比对也有实际应用价值，例如可以设计 PCR 引物，扩增来自多个不同物种的序列。

在本模块中，我们将利用上次实验室生成的多序列比对，使用邻接法和最大似然法进行一些系统发育分析。这种分析产生的树状结构可以告诉我们序列之间的关系有多密切，并提示在进化过程中何时发生了物种分化或基因复制事件。

在本模块中，我们将从细菌中提取一组同源序列，并使用 DataMonkey 分析它们是否存在正、负或中性选择下的某些位点。这样的分析有助于了解一组蛋白质编码序列的生物学特性，找出可能对生物功能很重要的残基（负选择下的残基），或可能参与对外部影响（如药物、病原体或其他因素）做出反应的残基（正选择下的残基）。

在本模块中，我们将探讨由于 DNA 测序成本迅速降低而产生的一些数据。我们将探索几个 RNA-Seq 数据集，这些数据集可以告诉我们任何特定基因在哪里表达，以及该基因可能是如何进行交替剪接的。我们还将研究几个元基因组数据集，它们可以告诉我们特定环境生态位中的物种种类（尤其是难以培养的微生物物种）。