在上一门课程中,我们对基因组进行了测序,之后我们想对它们进行比较,以确定物种是如何进化的,以及它们的不同之处。 在课程的前半部分,我们将比较两个短的生物序列,如基因(即 DNA 的短序列)或蛋白质。 在课程的后半部分,我们将 "放大 "比较整个基因组,在这里我们将看到被称为基因组重排的大规模突变,这些突变是在数百万年的进化过程中围绕大块 DNA 发生的地震事件。 通过观察人类和小鼠的基因组,我们会问自己:就像地震更有可能沿着断层线发生一样,我们的基因组中是否也有一些 "脆弱 "的位置,更容易在基因组重排中被破坏? 最后,您将学习如何应用流行的生物信息学软件工具来解决序列比对中的问题,包括 BLAST。


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积累特定领域的专业知识
- 向行业专家学习新概念
- 获得对主题或工具的基础理解
- 通过实践项目培养工作相关技能
- 获得可共享的职业证书

该课程共有6个模块
<p>欢迎来到课堂!</p><p>如果您参加了本专业的上一门课程,那么您已经成为基因组<em>组装</em>和抗生素测序方面的专家。下一个自然要问的问题是如何比较 DNA 和氨基酸序列。这个问题将促使我们在本周讨论 <strong>序列比对</strong>,这也是我们将在本课中提出的两个问题中的第一个(括号中显示了回答这两个问题的算法方法):</p><ol><li>我们如何比较 DNA 序列?(<em>动态编程</em>)</li><li>人类基因组中有脆弱区吗? (<em>组合算法</em>)</li></ol><p>与以前的课程一样,这两章中的每一章都配有天才艺术家兰德尔-克里斯托弗创作的生物信息学漫画,并作为专业畅销书<a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">印刷版</a>的章首。您可以在本消息底部找到第一章的漫画。为什么曼哈顿的出租车突然免费了?帕维尔从哪里得到这么多零钱? 作为一名打击犯罪的超级英雄,早上应该如何穿衣才能不迟到?本周的课程将为您解答这些问题以及更多问题。</p><p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/alignment_cropped.jpg" width="528"></p><p
涵盖的内容
7个视频2篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
<p>欢迎来到第 2 周的课程!</p> <p>上周,我们参观了曼哈顿,并在罗马商店中找零,这有助于我们找到两条 DNA 或蛋白质字符串的最长公共子序列。</p> <p>本周,我们将研究如何找到两条字符串的最高得分配准。我们将看到,无论我们对如何排列字符串做出何种基本假设,我们都能将排列问题表述为寻找有向无环图中最长路径的一个实例。
涵盖的内容
1个视频1篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
<p>欢迎来到第 3 周的课程!</p> <p>上周,我们了解了序列比对的各种不同应用如何都可以简化为在曼哈顿图中寻找最长路径。</p> <p>本周,我们将通过考虑序列比对中的一些高级主题来结束本章。例如,如果我们需要对长字符串进行配准,我们当前的算法将消耗大量内存。我们能找到更节省内存的方法吗?当我们从一次只对齐两个字符串转向对齐多个字符串时,我们应该怎么做?
涵盖的内容
3个视频1篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
<p>欢迎来到第 4 周课程!</p> <p>您现在知道如何比较两个 DNA(或蛋白质)字符串了。当我们 "放大 "到基因组水平时,我们会发现替换、插入和缺失并不能说明进化的全部过程:我们需要模拟被称为<strong>基因组重排</strong>的更剧烈的进化事件,这些事件将染色体拆开,然后以新的顺序重新组合在一起。一个自然而然的问题是,在你的基因组中是否隐藏着一些 "脆弱区域",在这些区域中,染色体的断裂在数百万年中发生得更为频繁。本周,我们将从如何计算连接两个物种的进化路径上的重排次数开始探讨这个问题。</p> <p>您可以在本电子邮件的底部找到本周来自兰德尔-克里斯托弗(Randall Christopher)的生物信息学漫画。地震和一叠煎饼与物种进化有什么关系?继续学习,找出答案!</p> <p><img width="528" src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/rearrangements_cropped.jpg"></p>
涵盖的内容
5个视频1篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
<p>上周,我们提出了人类基因组中是否存在脆弱区的问题。</p> <p>我们可能还不清楚,计算两个基因组之间的 <em>距离</em>如何帮助我们理解<em>脆弱区</em>是否存在。如果是这样,请继续关注--我们将看到这两个概念之间的联系会给这堂课带来一个令人惊讶的结论。
涵盖的内容
4个视频1篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
在课程的第六周和最后一周,我们将应用序列比对算法来推断非核糖体密码。
涵盖的内容
1次同伴评审
获得职业证书
将此证书添加到您的 LinkedIn 个人资料、简历或履历中。在社交媒体和绩效考核中分享。
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学生评论
136 条评论
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已于 Aug 20, 2021审阅
Overall it is a nice course. I especially like the way pairwise alignment is explained.
已于 Jun 21, 2017审阅
I have taken courses I, II and III. They were consistently excellent. I plan to go for the next one.
已于 Oct 1, 2016审阅
this course is easy understandable and interesting for the beginners!
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