本课程提供对细菌序列数据进行基于基因组学的常见分析任务的演示和练习。 课程使用 BV-BRC,即细菌和病毒生物信息学资源中心(Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center,由 PATRIC、IRD 和 ViPR 这三个前资源合并而成)作为分析平台。BV-BRC 是由 NIH/NIAID 资助的细菌生物信息学资源中心,提供全面的细菌基因组数据以及综合分析工具和可视化工具。BV-BRC 还提供了一个私人工作区,用户可以在此上传和分析自己的数据。 课程参与者将从原始序列数据开始,获得对细菌基因组进行比较分析所需的技能。第一模块的课程包括基因组组装、注释、系统发生树构建和蛋白质家族/蛋白质组比较。第一模块的课程包括基因组组装、注释、系统进化树构建和蛋白质家族/蛋白质组比较。每一课都是在前一课的基础上进行的,从而创建了一个完整的基线分析工作流程。 注:本课程中的练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
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该课程共有8个模块
本课介绍 BV-BRC,即细菌和病毒资源整合中心(前身为 PATRIC),这是一个致力于支持细菌研究的生物信息资源中心。BV-BRC 提供全面的细菌基因组数据,并集成了分析工具和可视化工具。BV-BRC 还提供了一个私人工作空间,用户可以上传和分析自己的数据。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
7个视频1个作业
本课提供了使用 BV-BRC 基因组组装服务从一组细菌序列读数组装基因组的分步指导。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
7个视频1个作业
本课提供了使用 BV-BRC 细菌基因组注释服务(BV-BRC Bacterial Genome Annotation Service)从等位基因注释基因组的分步说明。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
7个视频1个作业
本课将逐步介绍如何使用 BV-BRC 基因组综合分析服务(BV-BRC Comprehensive Genome Analysis Service)对一组细菌序列读数进行基因组组装、注释和自动分析。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
10个视频1个作业
本课将逐步说明如何使用 BV-BRC 密码树服务从一组基因组中生成基于密码子的系统树。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
9个视频1个作业
本课将逐步说明如何使用 "相似基因组查找服务"(Similar Genome Finder Service)在 BV-BRC 中查找与您的基因组或序列相似的基因组(及相关分类)。 请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
4个视频1个作业
本课将逐步说明如何使用 BV-BRC 蛋白质家族分类器(BV-BRC Protein Family Sorter)比较一组基因组中蛋白质家族中蛋白质的存在、缺乏和数量。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
13个视频1个作业
本课将逐步说明如何使用 BV-BRC 蛋白质组比较服务将一组基因组与参考基因组、特征组或 FASTA 文件进行比较。请注意,这些练习是使用 BV-BRC 的前身 PATRIC 系统开发的。不过,BV-BRC 是在 PATRIC 的基础上构建的,因此大部分内容仍然相同。
涵盖的内容
11个视频1个作业
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学生评论
281 条评论
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已于 Feb 6, 2024审阅
It is really good...got to learn more about health informatics
已于 Apr 4, 2025审阅
I have learnt so much from this course, although I am yet to complete it. Thumps up to Rebecca Wattam and PATRIC.org
已于 Feb 4, 2022审阅
i appreciate the dedication and design of the course. it so practical and friendly. thank You Dr. Rebecca.
常见问题
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