过去 15 年是植物生物学领域激动人心的 15 年。数百个植物基因组被测序,RNA-seq技术实现了全转录组表达谱分析,基于"-seq "的方法大量涌现,使蛋白质与蛋白质、蛋白质与DNA之间的相互作用得以以低成本、高通量的方式确定。在 Coursera.org 上的植物生物信息学课程中,我们学习了 33 种特定植物的在线工具,包括基因组浏览器、转录组数据挖掘、启动子/网络分析等。在植物生物信息学顶点课程中,我们将使用这些工具来假设一个未知功能基因的生物学作用,并以书面实验报告的形式进行总结。
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- 向行业专家学习新概念
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该课程共有5个模块
在第 1 周模块中,我们将使用拟南芥中一个(大部分)功能未知的基因 At3g20300,看看在线数据库能告诉我们关于该基因的哪些信息。A 部分使用我们在《植物生物信息学》中探索过的工具来收集有关基因/基因产物的信息,如大小、同源物、与其他序列的系统发育关系、结构域信息和亚细胞定位。B 部分探索基因表达数据库,了解该基因在哪里表达。通常,基因表达的位置和时间可以为我们提供有关其功能的线索。
涵盖的内容
2篇阅读材料1个作业
通常,与未知功能基因共表达的基因的功能可以为我们提供有关该基因功能的提示。现在,研究人员经常使用共表达分析作为 "初筛",以确定生物通路中的 "新 "基因(Usadel 等人,2009 年,介绍了几个例子)。另一个有趣的方面是,这些共表达基因的启动子是否包含任何共同的顺式调控图案。在 A 部分,我们将探讨与 At3g20300 共表达的基因,在 B 部分,我们将寻找共同的调控基调。
涵盖的内容
2篇阅读材料1个作业
对一组共表达基因进行基因本体富集分析通常有助于弄清这组基因在做什么。通过对一组共表达基因进行此类分析,我们能否推断出未知功能基因的作用?我们将在 A 部分探讨这方面的问题,同时研究基因列表参与的潜在途径。在 B 部分中,我们将使用其他网络工具来研究共表达基因之外与其他基因的联系。有时调查这些联系也很有用!同样,我们将以 At3g20300 为例。
涵盖的内容
2篇阅读材料1个作业
现在,我们将根据上述分析,将其中的信息综合成一份实验报告/论文草稿,描述我们感兴趣的未知功能基因的推测功能。我们将借鉴文献,描述相关基因的已知信息,并提出一些实验来验证我们对基因潜在功能的假设。
涵盖的内容
2篇阅读材料1次同伴评审
根据同行评审的反馈意见,我们将润色草稿,提交最终报告!报告长度约为 13-15 页(双倍行距),包括图表,图表应内嵌在报告中。页数不包括方法或参考文献(格式见论文示例)。
涵盖的内容
1次同伴评审
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学生评论
32 条评论
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已于 Jun 22, 2020审阅
Excellent bioinformatic training and experience. It gave me confidence in how to do the online work. Thank you.
已于 Jun 5, 2023审阅
The course was quite enlightening and educative. It has provided me with more information about other plant databases apart from NCBI that I know of.Thank you.
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